Glossar
Metagenomik.
Kurzantwort
Die Metagenomik untersucht die gesamte DNA, die aus einer Probe wie Kot, Darminhalt oder Boden gewonnen wird, ohne die enthaltenen Organismen vorher anzuzüchten. Aus den Sequenzen lässt sich ableiten, welche Mikroorganismen vorhanden sind und welche Stoffwechselwege ihre Gene grundsätzlich ermöglichen. Kulturverfahren erfassen dagegen nur einen kleinen Teil dieser Gemeinschaft.
Zwei Verfahren werden oft in einen Topf geworfen. Die Amplikonsequenzierung des 16S-Gens beantwortet die Frage, wer anwesend ist. Die Schrotschuss-Metagenomik liest alle Gene und zeigt, wozu die Gemeinschaft angelegt ist. Beide messen Anwesenheit, nicht Aktivität: ein vorhandenes Gen kann stumm bleiben, und die Ergebnisse sind Anteile an einem Ganzen.
Beim Pferd stützen sich viele Arbeiten auf Kotproben, weil der Zugang zum Blinddarm am lebenden Tier schwierig ist. Kot bildet vor allem den hinteren Dickdarm ab und nicht den Ort der eigentlichen Blinddarmfermentation. Bei Untersuchungen am Menschen besteht dieselbe Einschränkung, doch der interessierende Abschnitt liegt dort näher am gewonnenen Material.
Der Evidenzbrief
Einmal im Monat: neue Synthesen, geprüfte Studien und was sich an der Beweislage geändert hat.